医院是可以办理健康证的。一般是在当地的疾病控制中心(防疫站)办理，乡镇到医院,带上身份证,按规矩是上午空腹体检，主要查传染性病毒乙肝，内科,粪便,还有其它传染疾病:如皮肤病，结核等。体检合格后还要参加卫生知识培训，培训合格后就可以领取健康证。
法律依据：《预防性健康检查管理办法》第十四条 卫生监督机构根据健康检查结果，对预防性健康检查合格者签发健康合格证明。对不合格者提出处理意见并监督执行。原始材料同时交受检单位或规定的存档单位存档。
第十五条 卫生监督机构须按年度将管辖范围内的预防性健康检查情况统一汇总、分析并及时报送当地卫生行政部门和上级卫生监督机构。
